La clamorosa abiura dell'ateismo da parte di uno dei suoi esponenti più famosi, il filosofo Anthony Flew, raccontata e descrita sulle pagine del Dom da Philip Larrey, ha suscitato scalpore all'interno della comunità scientifica perché a fargli cambiare idea non è stata un'improvvisa illuminazione religiosa o una nuova argomentazione filosofica, ma le sempre più convincenti prove empiriche che sembrano dimostrare, per l'estrema complessità dell'universo e dei modi in cui si è formata la vita, il coinvolgimento di un'intelligenza superiore.
Flew ha cioè fatto proprio il "creazionismo scientifico" che il movimento dell'"Intelligent Design" ("disegno intelligente") ha iniziato a far circolare con successo sulla scena pubblica statunitense a partire dalla metà degli anni Novanta del secolo scorso. La tesi centrale del "disegno intelligente" è che il caso e la selezione naturale, le forze che per i darwinisti spingono l'evoluzione, non sono sufficienti a spiegare le caratteristiche degli esseri viventi, la cui complessità si comprende meglio postulando una causa intelligente piuttosto che un processo senza direzione.
Questa rivolta contro le dominanti teorie evoluzioniste, nata all'interno del mondo scientifico, ha la sua data di origine nel 1985, anno di pubblicazione del libro Evolution: a Theory in Crisis di Michael Denton. Secondo questo chimico e medico australiano, la teoria evoluzionista aveva accumulato troppi problemi irrisolti che non si potevano più ignorare. Denton elencava in maniera dettagliata più di venti organi esistenti in natura, a partire dal polmone degli uccelli, che non avrebbero mai potuto formarsi a poco a poco, per numerose, successive e piccole modificazioni, perché nella forma intermedia non avrebbero funzionato. La conclusione del libro era perentoria: la teoria darwiniana della macroevoluzione, che dovrebbe spiegare il passaggio da una specie all'altra, «dal 1859 a oggi non è stata confermata da una sola scoperta empirica ». In queste condizioni, avvertiva Denton, il paradigma scientifico del darwinismo era destinato a entrare presto in crisi.
Denton si considerava peraltro agnostico e non proponeva una teoria alternativa al darwinismo. Il suo libro si rivelò tuttavia decisivo nella nascita dell'"Intelligent Design" perché aveva un'impostazione scientifica molto più rigorosa del tradizionale creazionismo biblico. Anche l'attuale leader del movimento del "disegno intelligente", il docente di Diritto dell'università californiana di Berkeley Philip Johnson, ha affermato di essersi «risvegliato dal sonno dogmatico» proprio grazie alla lettura di questo libro. La storia della conversione di Johnson è singolare: nel 1987, osservando la vetrina di una libreria scientifica di Londra, nota due libri affiancati, The Blind Watchmaker di Richard Dawkins - il più famoso sostenitore del darwinismo - ed Evolution: A Theory in Crisis di Denton. Li acquista entrambi e li legge senza interruzione la sera stessa. Alla fine le argomentazioni di Dawkins l'avevano lasciato perplesso, ma la critica di Denton gli era apparsa irresistibile. Non essendo uno scienziato, Johnson decide che da quel momento avrebbe studiato quanto più poteva l'argomento. Negli anni successivi, terminato il periodo di preparazione, organizza dunque una serie di convegni in ambito universitario e s'impegna personalmente in decine di dibattiti pubblici con i maggiori campioni dell'evoluzionismo (come Stephen Jay Gould), mettendo le proprie notevoli capacità logiche e dialettiche, allenate in decenni di pratica giudiziaria, al servizio della critica al darwinismo. Nel 1991 pubblica un libro che diventa una pietra miliare del movimento, Darwin On Trial, nel quale accusa i darwinisti di fondare le proprie teorie non su prove scientifiche, che anzi le smentirebbero, ma su una filosofia metafisica a priori, il materialismo. Il darwinismo, secondo Johnson, svolge infatti il ruolo di mito fondante della cultura moderna; funziona cioè come un dogma religioso che tutti debbono accettare come vero, piuttosto che come una ipotesi scientifica da sottomettere a test rigorosi. L'attività di Johnson apre così la strada alle intuizioni di alcuni scienziati creativi che nella seconda metà degli anni Novanta sviluppano esplicitamente, in maniera costruttiva e positiva, una teoria a favore del "disegno intelligente".
Nel 1996 in un articolo pubblicato dal biochimico Michael Behe su The New York Times, intitolato (in traduzione) "Darwin al microscopio", compare per la prima volta - tutto verrà poi sviluppato e approfondito nel libro Darwin's Black Box. The Biochemical Challenge to Evolution - l'"eresia" secondo cui esisterebbe una teoria chiamata "disegno intelligente" in grado di spiegare meglio del darwinismo la formazione di tanti meccanismi molecolari "irriducibilmente complessi", quali per esempio le funzioni della cellula o la coagulazione del sangue. Il concetto di "complessità irriducibile" viene elaborato da Behe per descrivere quei meccanismi il cui funzionamento dipende dall'interazione di molte parti. Questi sistemi non possono formarsi per lenta evoluzione, ma debbono necessariamente essere progettati e assemblati tutti in una volta, come solo l'intelligenza sa fare. Per spiegare il concetto in termini comprensibili, Behe fa l'esempio della trappola per topi, che è composta da cinque parti e che non potrebbe funzionare se anche solo una di queste venisse rimossa. La stessa cellula è infinitamente più complessa di quanto si poteva ipotizzare ai tempi di Charles Darwin. La credibilità di Behe come scienziato dà al suo libro un grande successo (45mila copie vendute in un anno e centinaia di recensioni) e fa di lui il personaggio più in vista del movimento. I darwinisti lo accusano però di aver mischiato le proprie convinzioni cattoliche con la scienza. Ma per quale motivo, si chiede Behe, bisogna limitare l'oggetto della scienza alle sole spiegazioni materialiste, anche quando la ricerca conduce a spiegazioni diverse? Se le prove empiriche rendono plausibile l'esistenza di un "progetto intelligente" nella natura, perché un ricercatore non dovrebbe accettarle? Esaminando un sistema, spiega Behe, lo scienziato può inferire l'esistenza di un "disegno intelligente", ma non può stabilire chi sia il progettista. È possibile immaginarlo come un essere supremo, ma non spetta agli scienziati descriverlo. La scienza a questo punto deve fermarsi, lasciando il posto alla teologia.