Gli evoluzionisti darwiniani hanno usato come cavallo di battaglia gli organi vestigiali presenti nell’uomo, cioè organi che attualmente non svolgono alcuna funzione ma l’avevano in tempi remoti e che quindi erano considerati la prova di una discendenza comune. Si sono trovati almeno 180 di questi presunti organi vestigiali, ma con l’andare del tempo e con l’avanzare degli studi questi organi vestigiali si sono ridotti notevolmente di numero. Per esempio le tonsille, che erano considerate senza funzione, si sono dimostrate importanti organi immunitari, simili alle linfoghiandole o alla milza. L’appendice cecale era considerata un residuo dell’intestino degli animali erbivori ed invece si è visto che l’appendice serve come ricettacolo di germi utili all’organismo perché produttori di vitamine del gruppo B. Il coccige era considerato come un residuo della coda degli altri animali  inferiori all’uomo e si è visto invece che serve come organo di impianto di importanti muscoli del bacino. Anche la tiroide era considerata un organo vestigiale e si è constatata  poi la sua importantissima funzione nel metabolismo. Man mano che avanza la scienza si trovano funzioni di questi organi. Gli evoluzionisti darwiniani  si sono allora rivolti al DNA non codificante proteine come esempio di sequenze che non servono a niente e che sono il residuo o di sequenze parassite o di sequenze che un tempo avevano una funzione, ma ora ne sono privi. Questa idea è stata rafforzata dal fatto che circa il 98% del DNA non codifica proteine nell’uomo e solo per questo è considerata spazzatura di tipo casuale. Per esempio ci sono nel DNA molte sequenze ripetitive chiamate ALU, ma si è scoperto recentemente che queste sequenze hanno funzioni importanti. Il biologo Richard Stemberg esaminando la letteratura ha trovato un’ampia funzione per il DNA ripetitivo che contribuisce a formare strutture nucleari di ordine superiore, i centromeri, i telomeri e i centri di metilazione per il DNA. Inoltre, il DNA ripetitivo ALU potrebbe essere coinvolto nello sviluppo della funzione celebrale superiore. Molte altre scoperte sono avvenute per le funzioni del DNA non codificante: riparazione del DNA, assistenza nella replicazione del DNA, regolazione della trascrizione del DNA, piegatura dei cromosomi , controllo dello spliging,  combattere le malattie, regolazione dello sviluppo embrionale.  

Stemberg prevede che un giorno non tanto lontano il DNA spazzatura non esisterà più. Questa previsione si sta avverando con il progetto ENCODE , una serie di 30 lavori che dimostrano che l’ 80% del DNA  non codificante ha una funzione. Tom Gingers si accorse che ogni nucleotide è associato ad una funzione specifica di qualche tipo. Infine è stata scoperta anche la funzione degli pseudogeni. Gli pseudogeni erano ritenuti residui di geni un tempo funzionanti ma che ora non hanno alcuna funzione;  sono dei relitti dell’evoluzione. Ma anche questa idea è ora in via di estinzione perché si è scoperto che molti pseudogeni possono codificare proteine funzionali ed essenziali all’organismo, e sono modulari dell’espressione genica sofisticati. Il progetto ENCODE ha trovato che ben 850 pseudogeni sono trascritti in cromatina attiva. Sembra, da studi recenti, che i pseudogeni regolano l’espressione delle proteine in alcuni tessuti e non in altri. Molti pseudo geni sono conservati e la pressione selettiva li preserva nella loro struttura e ciò evidentemente dimostra che hanno una funzione. In conclusione la teoria che il DNA non codificante proteine sia spazzatura ha ritardato di molto la ricerca scientifica sulla funzione di questo DNA; si può dire quindi che il darwinismo spesso sia in ostacolo alla scienza.