L'ipotesi darwiniana afferma che le somiglianze morfologiche tra organismi dimostrano che essi discendono da un antenato comune. Tuttavia ci sono moltissimi casi di somiglianza morfologica ,la cosiddetta evoluzione convergente in cui icuramente l'antenato comune non aveva questi tratti simili. Un esempio eclatante e' l'apparato sonar della balena e del pipistrello; questa struttura complessa non era certamente in dotazione del supposto antenato comune dei due animali e quindi sarebbe avvenuta per ben due volte la formazione di questa struttura con i relativi geni in questi due animali.

Ma l'evoluzione convergente indica l'improbabilità estrema che le stesse strutture si siano formate due volte o più volte in animali diversi. Inoltre sono stati trovati DNA mitocondriali simili in molte categorie di uccelli e in specie distanti dagli uccelli come serpenti e lucertole e anche tra gruppi di uccelli che non derivavano certamente da un antenato comune. Ancora le piante e gli animali hanno una organizzazione biochimica simile dei sistemi immunitari innati. La discendenza comune non riesce a spiegare questi sistemi immunitari inaspettatamente simili e quindi è avvenuta anche qui un'evoluzione convergente. Ma ci sono tantissimi altri esempi: la ripetuta formazione di occhi da animali molto lontani tra loro, modifiche della pigmentazione dei vertebrati, e multiple evoluzione indipendente delle proprietà di molte proteine. I pipistrelli e le balene hanno ,per esempio un gene in comune, il gene prestin che codifica proteine che hanno in comune la balena dentata coi microchirotteri, cioè i pipistrelli. Questo tratto comune è considerato uno dei migliori esempi di evoluzione convergente fino ad oggi. Sono stati trovati sino ad oggi 100 casi di evoluzione genetica convergente i cui tratti non sono certamente dovuti ad un antenato comune. I biologi evoluzionisti sono costretti ammettere che le somiglianze biologiche sono dovute alla discendenza da un antenato comune tranne i casi in cui non è cosi'. Molti geni raccontano diverse storie evolutive e il biologo Michael Syvanen afferma "la vita potrebbe effettivamente avere avuto più origini”.  In pratica l'antenato comune universale non esiste.