Una volta avviato il processo della vita gli studiosi darwinisti ritengono che piccole mutazioni casuali che danno un vantaggio di sopravvivenza sarebbero selezionate dalla selezione naturale e sorgerebbero quindi tutte le strutture complesse della vita.se si potesse dimostrare, come affermava Darwin che le piccole variazioni non dessero questo vantaggio la teoria darwiniana cadrebbe. Gli studi degli ultimi 50 anni hanno effettivamente dimostrato che le strutture complesse degli esseri viventi non sono dovute a piccole variazioni o mutazioni casuali vantaggiose per la sopravvivenza. Si è scoperto infatti che quasi tutte le macchine molecolari degli esseri viventi sono di una complessità irriducibile. Le macchine molecolari sono infatti formate da molte proteine associate ;se manca una sola di esse la struttura non funziona. Un esempio classico di ciò è il flagello batterico che serve e funziona come un motore fuoribordo che indirizza il bacterio verso la fonte di cibo. E' formato da 35 proteine montate insieme a formare varie strutture del flagello che sono molto simili ad un motore fuoribordo costruito dall'uomo, si è provato sperimentalmente ad eliminare uno per uno i geni che codificano le 35 proteine del flagello e si è scoperto che anche eliminando uno solo dei 35 geni il flagello non funziona più. Macchine molecolari di questo genere ce ne sono a migliaia nelle cellule e sono tutte irriducibilmente complesse . Ultimamente si sono scoperte nel lievito ben 250 nuove macchine molecolari irriducibilmente complesse che Bruce Albert ,ex presidente della nazionale accademia delle scienze americana le ha descritte come 'eleganti, sofisticate e 'altamente organizzate'. Michael Behe e altri ritengono che queste macchine sofisticate non possono essersi evolute a poco a poco ma tutte in una volta e l'improbabilità di questa formazione simultanea rasenta l'impossibilità. Ma non sono soltanto le macchine molecolari ad essere irriducibilmente complesse ,ma anche le singole proteine. Nel 2000 e nel 2004 lo scienziato biologo molecolare Douglax Axe ha studiato gli enzimi , che sono proteine che si ripiegano in un modo specifico dando loro la funzione specifica di catalizzare varie reazioni chimiche.  Il ripiegamento corretto e la funzionalità dell' enzima dipende dallo specifico allineamento degli aminoacidi (venti tipi diversi)nella molecola. Axe ha sostituito gli aminoacidi allineati con aminoacidi messi a caso e ha scoperto che le sequenze funzionali sono molto rare, se ne ottiene una ogni 10^74 sequenze. La maggior parte delle sequenze ottengono proteine instabili . Dougla Axe ha studiato gli enzimi ed ha provato a trasformare l'enzima attraverso mutazioni casuali in un altro enzima ad esso molto simile ed ha ottenuto proteine che non si ripiegano correttamente, E' quindi molto difficile prendere una proteina con un tipo di piega e attraverso mutazioni casuali farla trasformare in un'altra con un'altra piega funzionale. Le probabilità di far evolvere a caso una proteina funzionale 'è simile alla probabilità che un arciere bendato tiri una freccia nella via lattea e colpisca un atomo pre-selezionato.

Negli organismi pluricellulari inoltre che hanno uno scarso tasso di moltiplicazione due mutazioni contemporanee che insieme danno un vantaggio di sopravvivenza nell'uomo per esempio occorrerebbero oltre 100 milioni di anni per ottenerlo :e l'uomo ,secondo gli evoluzionisti si è staccato dalla scimmia 6 milioni di anni fa! I darwinisti però insistono col dire che nei batteri queste modifiche possono avvenire molto più rapidamente dato l'alto tasso di mutazione e l'alto tasso di moltiplicazione, Nel 2010 però Axe ha dimostrato che anche nei batteri ,quando sono in gioco da sei a più di sei mutazioni per dare qualche vantaggio i tempi di attuazione di questo processo sono enormi ed è improbabile che si verifichi in tutta la storia della terra.  Nel 20011 Axe con la Gauger hanno fatto altri esperimenti di conversione nei batteri di un enzima in altro enzima ad esso simile .Hanno trovato che per la conversione ci vogliono almeno 7 mutazioni simultanee.  In altri esperimenti condotti da Gauger e dal biologo Seelke hanno rotto un gene capace di sintetizzare triptofano in escherichia coli. Quando un gene era rotto in un solo punto si poteva ripristinare facilmente la funzione originaria, attraverso il meccanismo darwiniano, ma quando il gene era rotto in due punti non era in alcun modo possibile ripristinare la funzione  originaria. Si è tentato anche di costruire una proteina con aminoacidi messi in modo casuale e si è ottenuto solo un groviglio appiccicoso quando la proteina è stata messa in acqua. La famosa biologa Margulis ha dichiarato che non ci sono prove che mutazioni casuali possano dare luogo a proteine funzionali. Ben 800 scienziati recentemente hanno dichiarato che sono scettici che le mutazioni casuali e la selezione naturale possano spiegare la complessità della vita. A mio avviso solo un disegno intelligente può spiegare tutto questo.